本发明提供了一种制造平面光波导器件的方法。该制造平面光波导器件的方法包括：在晶圆衬底上沉积光波导芯层；退火硬化，使得所述芯层致密均匀；采用物理气相沉积法形成金属掩膜层；涂光刻胶，并进行曝光显影；去光刻胶，反应离子刻蚀金属掩膜；感应耦合刻蚀芯层；采用火焰水解沉积光波导上包层；退火硬化，使得上包层致密均匀；其中，所述晶圆衬底的氢氧根离子小于200PPM，表面残余应力小于1MPa。本发明提供的制造平面光波导器件的方法，无需制做下包层，直接在符合要求的晶圆衬底上沉积光波导芯层，减少了制造步骤及工序环节。